공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면

 

 

안녕하세요

박 세무사의 세금공원입니다.

 

오늘은 조세특례제한법 77조  【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 규정에 대해 포스팅하고자 합니다.

이 규정은 수용으로 인한 양도소득세 발생 시 적용할 수 있는 가장 일반적인 감면입니다. 감면율이 크지는 않지만, 다른 감면들과는 다르게 요건이 어렵지 않으니 대상이 될 수 있는 지 꼭 살펴보셔야겠습니다.

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1. 적용 요건

1) 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도할 것

2) 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득일 것
(1) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
(2) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
(3) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 

간단하게 부동산이 수용되어 양도소득세가 발생하는 경우로서 사업인정고시일 2년 이전에 취득한 토지등을 양도하는 경우에 적용받을 수 있습니다. 이 때, 상속을 원인으로 취득했거나 소득세법 97조2 1항 배우자등 이월과세규정이 적용되는 경우에는 피상속인 또는 증여자가 취득한 날을 취득일로 보아 계산합니다.

 

거주자가 아닌 비거주자도 적용받을 수 있는 감면 규정으로, 비거주자에 해당한다면 꼭 확인하셔야할 규정입니다.

 

현행 조문 상 2026년 12월 31일 이전에 양도해야만 적용받을 수 있는 규정이지만, 1998년부터 2~3년 간격으로 계속해서 연장되어 온 역사가 있습니다. 비교적 개정이 많은 규정이므로 실제 적용 시에는 재차 확인 후 적용해야합니다.

 

해당 조문의 요건은 아주 간단하지만, 경우에 따라 2번 요건에 해당하는가 판단하는 것이 어려울 수 있습니다. 납세자 입장에서 수용이란 절차가 일반적으로 겪는 절차는 아니다보니, 공공기관·지자체에 양도하거나 공익목적으로 사용하고자 하는 자에게 양도하는 것이면 모두 수용으로 아는 경우가 많기 때문입니다. 자세한 내용은 하단 주의사항에 별도로 정리합니다.

 

수용 절차가 너무 복잡하여 대상이 되는 것인지 알기 어렵다면, 그나마 쉽게 확인해볼 수 있는 방법으로 보상 담당자에 연락하여 토지보상법 상 사업인정고시(혹은 타법에 따른 사업인정고시 의제)가 있는 사업인지 확인하는 방법이 있습니다.

 

조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득
⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나 「소득세법」 제97조의 2 제1항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

조세특례제한법 기본통칙 77-0…2 【토지수용의 범위】
법 제77조 제1항 제3호에 규정하는 “토지 등의 수용”에는 「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 기타 법률에 따른 사업인정 고시일 이후 협의에 의하여 매매계약이 체결되어 양도한 경우를 포함한다.

 

2. 감면세액

공익수용 감면은 보상형태에 따라 다른 감면율이 적용됩니다. 토지보상법 상 수용은 현금보상이 원칙이지만, 사업시행자가 국가·지자체·지정된 공공기관에 해당하면서, 토지소유자가 원하는 경우이거나 부재지주의 토지보상인 경우인 때 혹은 투기 우려지역에서 시행되는 특정 공익사업인 경우인 때 채권보상이 가능합니다.

 

현금보상 : 10%
채권보상(일반채권) : 15%
3년 만기특약 채권 보상 : 30%
5년 만기특약 채권 보상 : 40%

 

감면율만 놓고 본다면 만기특약 채권의 감면율이 높긴 하나, 일반적으로는 대부분 현금보상을 원하시고, 부득이 채권보상을 받더라도 일반채권을 선택한 뒤, 일부 비용을 감안하고서 채권할인(현금화)하는 경우가 많습니다. 아무래도 당장의 양도소득세 부담과 수 년 간 보상금을 사용(투자, 자산취득, 채무상환 등)할 수가 없다는 점이 크게 와닿기 때문일 것입니다.

 

만기특약 채권을 수령한 경우로 만기 전에 특약을 위반한 경우에는 일반채권보상을 적용받았을 때와의 감면액 차액(3년 만기의 경우 15%, 5년 만기의 경우 25%)을 추징하며, 이 때 이자 상당액을 가산하여 추징하기 때문에 신중히 선택하셔야합니다.

 

조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다.
⑤ 제1항 제1호ㆍ제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조 제3항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조 제6항을 준용한다.

조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.

조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
⑨ 법 제66조 제6항 및 제10항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 각각 법 제66조 제5항 또는 제9항에 따라 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 당초 현물출자한 농지등에 대한 양도소득세 예정신고 납부기한의 다음 날부터 법 제66조 제5항 또는 제9항에 따른 세액의 납부일까지의 기간
2. 제11조의 2 제9항 제2호에 따른 율

조세특례제한법 시행령 제11조의 2 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】
⑨ 법 제12조의 2 제8항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액”이란 제8항 각 호의 구분에 따른 세액에 상당하는 금액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
 2. 1일 10만분의 22

 

3. 감면한도

조세특례제한법 §77 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 규정은 과세기간별 한도가 존재합니다.

1년 내 1억, 5년 내 2억의 감면 한도가 존재합니다.

 

한도를 판단할 때에는 조세특례제한법 상 다른 양도소득세 감면규정과 합산하여 판단하므로, 해당 기간 내 다른 감면을 적용받은 적이 있는 지 확인할 필요가 있습니다.

조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】
① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조, 제77조의 2, 제77조의 3, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. 
 1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조, 제77조의 2, 제77조의 3, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
  가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
  나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의 2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 

4. 주의사항

1) 토지보상법이 적용되는 사업일 것

기본적으로 조문에서 말하는 토지 등의 수용이란 수용민의 의지와 관계없이 강제로 소유권을 잃게 되는 수용사업을 의미합니다. 이전 포스팅에서 살펴본 절차 중, 사업인정 고시 후 협의매수(협의매수에 응하지 않더라도, 토지보상법 상 절차에 의해 수용개시가 예정되어있음) 이후의 절차가 이에 해당합니다.

 

즉, 원칙적으로 조문 상 감면 여부(사업인정고시일 2년 전 취득)를 판단하는 기준인 사업인정고시가 있어야하는 것입니다. 사업인정고시가 없는 사업은 국가나 지자체, 공공기관이 공익을 목적으로 부동산을 매수한다고 하더라도, 조세특례제한법 §77 감면대상이 되기는 어렵습니다.

대법원-2018-두-65897, 2019.03.28.
【전심과정】
서울고등법원2018누64384, 2018.11.29 - 서울행정법원2018구단63108, 2018.08.29 - 조심2018서0677, 2018.05.10
【요지】
국토교통부장관의 사업인정고시가 없었던 이상, 비록 지방자치단체가 공익사업에 공하기 위하여 부동산을 매수하였다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로 그 양도가 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 세액감면 대상에 해당한다고 볼 수 없음

서울고등법원2018누64384, 2018.11.29
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[1심판결서 이유의 인용]
① 서울특별시 ○○구가 이 사건 부동산을 공립어린이집으로 사용하기 위하여 매수하기는 하였으나, 국토교통부 장관으로부터 공익사업법에 정한 사업인정(제2조 제7호, 제20조 제1항)을 받은 적이 없고, 국토교통부 장관의 사업인정고시(제22조 제1항) 역시 없었던 것으로 보인다.
② 서울특별시 ○○구는 이 사건 부동산을 매수하는 과정에서 토지조서 및 물건조서의 작성 등과 같은 토지보상법에 정한 협의에 의한 취득 절차를 거치지 않았고, 원고가 요청한 ‘토지 협의매수 확인서‘ 역시 발급하여 주지 않았다.
③ 서울특별시 ○○구는 공립어린이집의 확충 정책에 따라 2013년경부터 어린이집 설치를 위한 토지 등의 매수를 추진하는 과정에서 원고로부터 이 사건 부동산을 매수하였다. 그런데 위 매매계약 상의 매매대금은 서울특별시 ○○구 및 원고가 각각 의뢰한 감정평가액에 기초하여 산정된 금액이고, 원고는 자유로운 의사에 따라 시가대로 이 사건 부동산을 양도하였다.
④ 비록 서울특별시 ○○구가 토지보상법 제4조 제3호에 정한 ‘어린이집 운영’을 위하여 이 사건 부동산을 매수하였다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로는 이 사건 양도가 ‘토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등’의 양도에 해당한다고 볼 수 없다.

조심2023서3254, 2023.11.15
【제목】
 쟁점토지의 양도는 토지보상법에서 정한 사업인정을 받은 사실이 없는 것으로 나타나고 쟁점토지는 국방부에서 시행한 군사용 사유지 매입사업에 편입된 토지로서 국방ㆍ군사시설 사업에 관한 법률§4에 따라 국방부장관이 동 사업계획을 승인한 사실이 없으므로 같은 법 §5③에 따라 사업인정을 받은 것으로 의제하기도 어려우며, 토지보상법§24의2②ㆍ④에 따르면 별표에 규정된 법률에 따라 §20에 따른 사업인정이 있는 것을 의제되는 사업이 해당 법률에서 정하는 바에 따라 해당 사업의 준공ㆍ완료ㆍ사용개시 등이 고시ㆍ공고된 경우 같은 조②에 따른 고시가 있는 것으로 본다고 규정하고 있으나 이 건의 경우 그 준공 등 고시ㆍ공고내역이 확인되지 않는 점, 국방ㆍ군사시설 사업에 관한 법률§4①3호에 따르면 국방ㆍ군사시설사업 계획승인대상으로 ‘그 밖에 국방부장관이나 사업시행자가 국민의 재산권 보호, 국방 및 군사 목적의 달성을 위하여 필요하다고 인정하는 사업’이 규정되어 있어 청구인이 제출한 증빙만으로는 쟁점토의 양도가 이러한 경우에 해당되지 않는다고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

심사양도2013-0219, 2014.01.23
【제목】
국제공항공사는 쟁점토지를 협의취득 한 점, 사업인정을 받지 않은 점, 쟁점토지 매매의 거래대금 산정만 보상법 절차를 준용한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 않음

 

하지만, 공익사업에 필요한 토지 전부를 협의매수하여 사업인정을 받지 않은 경우에는 보상계획 공고일(공고 생략의 경우 보상계획 통지일)을 사업인정고시일로 보아 조문 상의 요건 "사업인정고시일 2년 전 취득" 여부를 적용할 수 있습니다. 수용 대상 토지소유자가 모두 사업인정고시 전 협의매수에 응한 상황이어야하므로, 정말 작은 사업이 아니라면 흔히 볼 수 있는 케이스는 아닙니다. 이 경우에는 사업인정고시일이 없는 만큼 실제 해당 보상절차가 토지보상법에 따라 진행되었는지를 종합적으로 판단하게 되므로, 신고서를 접수하더라도 과세관청으로부터 실제 인정받기까지 까다로운 소명절차가 있을 수 있습니다.

부동산거래관리과-632, 2012.11.20
【회신】
「조세특례제한법」 제77조을 적용할 때 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업을 위해서 사업시행자가 해당 공익사업에 필요한 토지 전부를 협의매수함으로써 같은 법 제20조에 따른 사업인정을 받지 아니한 경우에는 같은 법 제15조에서 따른 보상계획 공고일(공고를 생략한 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날)을 사업인정고시일로 보는 것임.

 

2) 만기특약 채권의 특약을 위반한다면?

감면세액 부분에서 간단히 언급한 내용과 같이 실제로 수용 보상에 대한 양도소득세 신고를 진행하다보면 만기특약채권을 받으시는 분은 많지 않습니다. 감면율이 배 이상으로 높음에도 왜 3년, 5년만기특약채권 보다 현금보상을 선호하는 걸까요? 여러가지 이유가 있습니다.

 

첫 째로, 대부분 수용대상자 분들은 다른 부동산 취득 혹은 현금 수요가 있습니다. 거주하시던 주택이 수용된 경우는 말할 것도 없으며, 수용이 되는 부동산에 저당채무가 있는 경우, 생업이던 농지나 축사용지 또는 사업용/임대용 부동산이 수용된 경우 등이 대표적입니다. 이런 상황에서는 기존 부동산을 대체할 신규 부동산을 취득해야하기 때문에 보상금 외에 현금유동성이 없는 상황이라면, 현금보상을 우선할 수밖에 없습니다.

 

둘 째로, 다른 투자처가 있는 경우입니다. 보상 채권의 이자율은 상환 기간과 보상대상자에 따라 다르나, 국고채 금리와 정기예금 이자율 중 결정됩니다. 국고채 금리와 정기예금 이자율 모두 이자율을 보고 투자하기에는 그리 매력적인 금리는 아닙니다. 차라리 현금보상을 받은 후, 부동산/주식 등을 투자하고자 하시는 분들이 많습니다.

 

셋 째로, 채권의 이자는 만기에 일시 수령하며, 해당 과세기간에 만약 금융소득이 2천만 원을 초과하는 경우 금융소득 종합과세 대상이 될 수 있습니다. 그에 따른 세금과 건강보험료 문제도 채권 선택을 꺼리는 이유 중 하나입니다.

 

넷 째로, 기간이 길어 만기보유를 자신할 수 없어서 입니다. 수용 보상금이 수용민에게 소액에 해당한다면 문제 없을 수 있지만, 대부분의 경우 그렇지 않습니다. 재산의 큰 부분을 차지하는 보상금을 3년, 5년 간 채권으로 묶어두어야한다는 점이 부담스러울 수 있습니다.

 

그렇다면 만약 만기특약채권으로 보상받은 후, 만기까지 보유하지 못하고 중도에 해지한다면 어떻게 될까요?

앞서 살펴본 것과 같이 일반채권보상 감면율을 적용한 세액과의 차액에 대해 세액 추징되며, 추가적으로 이자상당액까지 부과됩니다. 

 

예를 들어, 산출세액 50,000,000원에 대해 5년만기특약채권에 따른 40% 세액감면을 적용하여 30,000,000원을 납부하였고, 만기일까지 보유하지 못한 채 3년 뒤 해지했다고 가정한다면 추징되는 세액은 아래와 같습니다.

* 예상 추징세액 [ 1)+2) ] : 15,511,250
1) 본세의 차액
 50,000,000*(40%-15%) = 12,500,000
2) 이자상당액
 12,500,000*(22/100,000)*1,095日 = 3,011,250

 

여기서 이자상당액에 적용되는 율은 2024.04.12. 현재 현행 세법 상 1일 10만 분의 22이며, 중간에 개정이 있는 경우 변경된 율을 적용하기 때문에 실제 적용되는 경우에는 산식이 복잡해질 수 있습니다.

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세무법인리치는 수용 보상금 명세서를 수령한 분들에게 무료로 예상세액, 세액감면 판단 등 간단한 안내를 도와드리고 있습니다. 문자나 카카오톡, 이메일로도 질의응답 및 자료 수령이 가능하오니 수용에 따른 예상 양도소득세가 궁금하거나, 감면을 적용할 수 있을지 궁금하신 분들은 아래 연락처로 편히 연락 부탁드립니다.

 

* 보상금액이 확정되지 않은 상황은 양도가액을 알 수 없어 세액 계산이 불가능하오니 양해 부탁드립니다. 

 

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