안녕하세요
박세무사의 세금공원입니다
지난 해 말, 2009.03.16.~2012.12.31. 취득한 주택을 양도하는 경우에는 조정대상지역 내 다주택자라 하여도 기본세율이 적용된다는 기획재정부의 해석 변경이 있었습니다. 이후 기본세율이 적용된다면 장기보유 특별공제도 적용되는 것인가에 대해 여러 의견이 있었고, 며칠 전 그에 대한 해석이 나와 소개드립니다.
결론부터 말씀드리면 "다주택자가 2009.03.16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 기본세율이 적용되더라도 장기보유 특별공제는 적용될 수 없다" 입니다.
1. 예규내용
| 세목 | 양도 | 문서번호 | 기획재정부 재산세제과-477 | 생산일자 | 2024.04.17. |
[ 제 목 ]
다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 장기보유특별공제 적용 여부
[ 요 지 ]
다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 장기보유특별공제 적용 불가
[ 답변내용 ]
2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 상황에서 다주택자가 해당 주택을 2018년 4월 1일부터 2022년 5월 9일까지 양도하는 경우에는 「소득세법」제95조제2항 규정에 따라 장기보유 특별공제가 적용되지 않는 것입니다.
1) 사실관계
○ 甲은 2009. 5. 13. 취득한 서울 강남구* 압구정동 소재 A주택을 2018. 7. 30. 양도하고 기본세율을 적용하여 양도소득세 신고
* 2017.11.10. ｢주택법｣ 제63조의2에 따라 조정대상지역으로 지정됨
- (수정신고) 양도 당시 1세대 3주택 이상자에 해당하는 것으로 보아 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 미공제
- (경정청구) A주택에 적용되는 세율과 관련하여 기획재정부 예규가 변경*되어 기본세율 및 장기보유특별공제 적용
2) 질의내용
○ 다주택자가 소득세법 부칙(제9270호, 2008. 12. 26.) 제14조에 따라 기본세율을 적용받는 조정대상지역 내 주택(2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득)을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지 여부
3) 답변내용
2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 상황에서 다주택자가 해당 주택을 2018년 4월 1일부터 2022년 5월 9일까지 양도하는 경우에는 「소득세법」제95조제2항 규정에 따라 장기보유 특별공제가 적용되지 않는 것입니다.
2. 해석 및 사견
1) 법령 확인
지난해 말, 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조에 따라 2009.03.16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 주택은 양도 시 조정대상지역 내에 존재하더라도 중과세율 적용 대상이 아니라는 기획재정부의 해석 변경이 있었고, 이번에는 2009.03.16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 주택을 조정대상지역 내 다주택자가 양도하는 경우 장기보유 특별공제가 적용 가능한 지에 대한 기획재정부의 해석입니다.
법령을 순서대로 살펴보면, 장기보유 특별공제는 미등기 양도자산과 조정대상지역 내 다주택에 해당하는 주택을 양도하는 때에는 적용받을 수 없습니다.
일반적으로 기본세율을 적용받는 경우에는 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있고, 중과세율을 적용받는 경우에는 장기보유 특별공제를 적용받을 수 없는 경우가 많기 때문에 이를 연관하여 생각할 수 있지만, 조문을 하나씩 살펴보면 해당 자산이 어떤 세율을 적용받는 지는 장기보유 특별공제와 관계가 없습니다. 어떤 자산에 해당하는가를 판단해야할 뿐입니다.
부칙에 따라 기본세율이 적용된다고 한다면, 조정대상지역에 있는 주택이 그렇지 않은 것으로 바뀌는가? 생각해본다면 기획재정부의 해석이 조금 더 쉽게 이해되기도 합니다.
소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 「주택법」 제63조의 2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조 【양도소득세의 세율 등에 관한 특례】
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.
② (삭제, 2012. 1. 1.)
[②, 삭제 전 개정연혁]
부칙 (2009. 5. 21. 법률 제9672호)
② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. (2009. 5. 21. 개정)
부칙 (2008. 12. 26. 법률 제9270호)
② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. (2008. 12. 26. 신설)
2) 사견
조세법률주의 관점에서 타당한 해석이라고 판단됩니다.
장기보유 특별공제 적용이 제외되는 자산을 소득세법 §95 제2항 조문에서 언급하고 있고, 양도하는 자산이 조정대상지역 내 다주택에 해당한다면 법령 상 장기보유 특별공제 적용 제외 자산에 해당합니다.
지난해 말 예규에서 조정대상지역 내 다주택자임에도 중과세율이 적용되지 않는 이유는 조정대상지역 내 소재한 주택이긴 하지만, 부칙에 의거 기본세율을 적용할 뿐이기 때문입니다. 즉, 부칙에 따라 기본세율이 적용된다 하여도 조정대상지역 내 소재한 주택이 그렇지 않은 것으로 바뀌는 것은 아닙니다.
또, 장기보유 특별공제와 세율은 소득세법 상 별개의 조문이기 때문에 중과세율이 적용되지 않는다고 해서 반드시 장기보유 특별공제를 적용해야하는 것은 아닙니다. 기본세율을 적용받으면 장기보유 특별공제가 적용되는 것이 일반적인 케이스이기 때문에 와닿지 않을 수는 있지만 충분히 있을 수 있습니다.
이에 대해서도 법원까지 올라간다면 법원의 판단이 어떨지 궁금하긴 합니다만, 중과세율과는 다르게 장기보유 특별공제는 같은 논리로 주장하기는 어렵지 않을까 하는 개인적인 의견이 있습니다.
그 이유로 중과세율의 케이스에서 법원은 "부칙이 실효되었다 볼 수 없고, 부칙조항에서 취득시기를 기준으로 특정기간 취득한 자산에 대해 세율의 특례를 정한 것이어서 양도시기와 관계 없이 특례규정을 적용할 수 있다할 것이며, 조정대상지역 내 다주택 중과제도가 기존의 다주택 중과제도를 위치를 옮기는 과정에서 신설되었기 때문에 부칙조항에 우선할 수 없다"고 하였습니다.
이를 장기보유 특별공제를 중심으로 살펴보자면, 우선 문제의 중심인 부칙 제14조에는 취득시기를 기준으로 특정기간 취득한 자산에 대해 세율의 특례는 정하고 있으나 그 외의 것은 정하고 있지 않습니다. 해당 기간동안 취득한 자산에 대해 언제 양도하더라도 기본세율을 적용하겠다는 의미이지, 장기보유 특별공제를 적용해주겠다는 의미가 아닙니다.
또한, 2008.12.26. 부칙 14조가 신설되었을 때 제2항에서 세율의 특례를 적용하더라도 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 하였습니다. 부칙의 취지가 부동산 시장 활성화에 있긴하나, 세율 적용 특례일 뿐 장기보유 특별공제까지 보장했던 것은 아니었다고 판단됩니다.
이후 2012.01.01. 부칙 제2항이 삭제되기는 했지만, 이는 당시 다주택 중과세율을 한시적으로 완화함과 함께 다주택자도 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있게 바뀌었을 뿐이었습니다.
2017.12.19. 개정으로 2018.04.01. 이후 양도하는 자산부터 조정대상지역 내 다주택에 대해 장기보유 특별공제 적용을 제외하고 있으므로, 이를 모두 종합적으로 보았을 때 이 사안에서는 부칙 14조가 우선 적용된다하여도 장기보유 특별공제를 적용받기는 어렵다고 보입니다.
구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제104조제1항제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조제1항제2호의2에 따른 세율)
2. 제104조제1항제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조제1항제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조제1항제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)
② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.
구 소득세법 부칙 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다.
② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. [전문개정 2009.5.21]
현 소득세법 부칙 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. (2010. 12. 27. 개정)
② (삭제, 2012. 1. 1.)
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