다주택자가 2009.03.16.~2012.12.31. 중 취득한 주택을 2018.04.01. 이후에 양도한 경우 기본세율을 적용하는 것임(기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.)

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다주택자 2009.03.16.~2012.12.31. 기본세율

 

안녕하세요

박세무사의 세금공원입니다

 

과거 2008년 리먼 브라더스 사태 여파로 인해 국내 부동산시장까지 침체기에 들어가는 타격이 있었습니다.

 

이에 2008년 말 부동산 시장 활성화를 위해서 일정 기간(2009.03.16.~2012.12.31.) 내 취득하는 부동산은 비사업용토지 중과세 및 다주택 중과세 규정을 배제하는 세법 부칙(2008.12.26. 법률 제9270호, 소득세법 부칙§14)을 발표했습니다.

부칙에 따라 해당 기간 내 취득하기만 한다면, 취득원인 및 양도시기와 관계없이 중과세 배제가 가능했었습니다.

 

하지만, 세법의 개정으로 2014년 부칙과 연결되어 있던 다주택 중과세 조문(소득세법 §104 1항 4호 내지 7호)이 삭제되고, 이후 2017년 말 같은 조 7항으로 조정대상지역 내 다주택자 중과세 규정이 신설되면서 2018.04.01. 이후 양도하는 주택부터 조정대상지역 내 다주택자 중과세율이 부과되기 시작되었습니다.

 

지난해 말, 기획재정부는 종전 입장(기획재정부 재산세제과-852, 2018.10.10.<삭제예규>)을 변경하여 다주택자가 2009.03.16.~2012.12.31. 취득한 주택이 양도 당시 조정대상지역 내 소재하더라도 양도소득세 기본세율이 적용된다(기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.)는 해석변경을 내놓았습니다.

 

과거 양도한 건에 대해서도 경정청구를 통해 돌려받을 수 있기 때문에 다주택자 중과세율을 적용받았던 분들은 취득일자를 재확인할 필요가 있겠습니다. 자세한 내용은 아래에서 다루겠습니다.


1. 예규내용

세목 양도 문서번호 기획재정부 재산세제과-1422 생산일자 2023.12.26.
[ 제 목 ]
다주택자가 ’09.3.16.~’12.12.31. 중 취득한 주택을 ’18.4.1.이후 양도시 중과 여부

[ 요 지 ]
다주택자가 ’09.3.16.~’12.12.31. 중 취득한 주택을 ’18.4.1. 이후에 양도(조정대상지역 내 소재)한 경우 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항에 따라 소득세법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하는 것임

[ 관련법령 ]
소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

 

1) 질의내용

○ 다주택자가 ’09.3.16.~’12.12.31. 중 취득한 주택을 ’18.4.1. 이후에 양도한 경우 법률 제9270호 부칙 제14조제1항에 따라 소득법§104①(1)의 기본세율을 적용하는 것인지 소득법§104⑦에 따라 중과세율을 적용하는 것인지 여부(양도주택은 양도 당시 주택법에 따른 조정대상지역 내 소재)

   (1안) 중과세율 적용    (2안) 중과세율 적용 배제

 

2) 회신

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 경우로서, 해당 주택을 양도하는 경우에는 법률 제9270호 부칙 제14조제1항에 따라 소득세법 제104조제1항제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하는 것입니다. 동 해석은 회신일 이후 결정·경정하는 분부터 적용됩니다.

 

다주택자가 2009.03.16.~2012.12.31. 중 취득한 주택을 2018.04.01. 이후에 양도한 경우 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항 제1호의 세율을 적용하는 것임(기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.).pdf
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2. 해석 및 사견

1) 배경

과거 2008년 금융위기로 인해 침체되었던 부동산 시장을 정상화시킬 방안으로 일정기간(2009.03.16.~2012.12.31.) 내 취득하는 부동산은 비사업용토지 중과세 및 다주택 중과세 규정을 배제하는 세법 부칙(2008.12.26. 법률 제9270호, 소득세법 부칙§14)을 시행하였습니다. 해당 기간 내 취득하기만 한다면, 취득원인과 양도시기의 관계 없이 중과세 배제가 가능했었습니다.

 

하지만, 세법의 개정으로 2014년 부칙과 연결되어 있던 다주택 중과세 조문(소득세법 §104 1항 4호 내지 7호)이 삭제되고, 이후 2017년 말 같은 조 7항으로 조정대상지역 내 다주택자 중과세 규정이 신설되면서 2018.04.01. 이후 양도하는 주택부터 조정대상지역 내 다주택자 중과세율이 부과되기 시작되었습니다.

 

당시에도 부칙이 적용되는 범위가 1항에만 한정되어 중과세율이 적용되는 것인지, 아니면 조정대상지역 내 다주택자 중과세 규정에도 적용되어 기본세율을 받을 수 있는 것인지에 대한 의견이 있었습니다.

 

이에 기획재정부가 "과거 부칙과 별개의 조문이므로 중과세율이 적용되어야한다"는 기존 해석(기획재정부 재산세제과-852, 2018.10.10.<삭제예규>)을 내놓으면서 부칙의 기간 중 취득한 주택에 대해서도 조정대상지역 내 다주택자 중과세율이 적용되었습니다.

기획재정부 재산세제과-852, 2018.10.10. <삭제예규, 현재 적용되지 않습니다>
【회신】
2009.3.16.부터 2012.12.31.까지의 기간 중 취득하고, 추후 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역으로 지정된 지역에 있는 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우에는 「소득세법」 제104조 제7항이 적용되는 것입니다.

서면-2018-법령해석재산-0940, 2018.10.16 <삭제예규, 현재 적용되지 않습니다>
【회신】
귀 서면질의의 경우, 기획재정부 해석사례(재재산-852, 2018.10.10.)를 참조하기 바람.
◈ 기획재정부 재산세제과-852, 2018.10.10.
2009.3.16.부터 2012.12.31.까지의 기간 중 취득하고, 추후 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역으로 지정된 지역에 있는 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우에는 「소득세법」 제104조 제7항이 적용되는 것임.
【국세청 해석사례 검토내용 中】
○ 특례부칙이 시행될 당시 소득법§104는 다주택자에 대한 중과세 규정을 제1항(일반다주택 중과세)과 제4항(투기지역 다주택 중과세)에서 별도로 규정하고 있었는데
- 특례부칙을 보면, “2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 소득법 §104①(4)~(9)의 규정에도 불구하고 일반세율을 적용한다.”고 하여
- 그 취지가 “소득법 §104①의 일반중과세의 한시적 유예”에 있고
- 투지지역에 있는 3주택 이상에 해당하는 주택은 소득법 §104④에 따라 2009.3.16.부터 기본세율+10%p의 세율이 적용되어 소득법§104①과는 별도로 중과세 되므로
- 특례부칙은 어디까지나 제1항에 한정된 특례규정으로 해석됨
○ 현행 조정대상지역의 다주택 중과 규정이 같은 법 제7항에 신설되면서 입법취지가 비슷한 제4항이 삭제된 점과, 여전히 제1항과는 별도로 다른 항에서 규정하고 있는 점을 감안하면
- 특례부칙은 신설규정에는 적용되지 않는 것으로 보아야 함
소득세법 부칙 제14조 【양도소득세의 세율 등에 관한 특례】 (2008. 12. 26. 법률 제9270호)
① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.
소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】
[2022. 12. 31. 법률 제19196호 일부개정, 2023. 01. 01. 시행]
구 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】
[2009. 12. 31. 법률 제9897호 일부개정, 2010. 01. 01. 시행]
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산
제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것
양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]
3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것
양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)
4. (삭제, 2020. 8. 18.)
5. (삭제, 2014. 1. 1.)
6. (삭제, 2014. 1. 1.)
7. (삭제, 2014. 1. 1.)
8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 
1. 「주택법」 제63조의 2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 
제55조 제1항에 따른 세율
4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)
양도소득 과세표준의 100분의 60
5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)
양도소득 과세표준의 100분의 60
6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
양도소득 과세표준의 100분의 50
7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) 
양도소득 과세표준의 100분의 50
8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지
양도소득 과세표준의 100분의 60
9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의 3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산
양도소득 과세표준의 100분의 60

 

위 해석에 불복하여 조세심판원의 판단을 구한 납세자 분들이 계셨는데, 조세심판원의 입장(조심-2018-서-4447, 조심-2019-서-0898)은 계속해서 기재부의 기존 해석과 동일했었습니다.

 

이에 굴하지 않고 조세심판원의 결정에도 불복하여 행정소송까지 가신 납세자분이 법원에서 기존의 해석을 뒤집고, 기재부도 법원의 판단을 존중하여 해석을 변경한 것입니다.

 

2) 조세심판원의 입장 - 기각

청구인의 주장은 "1) 쟁점부칙은 여전히 효력이 존속되고, 2) 새로운 입법으로 과거에 소급하여 중과세하는 것은 소급과세 금지원칙에 위배되는 것이다. 3) 쟁점부칙에 근거하여 다주택자가 된 납세자는 기본세율을 적용받을 것이라는 기대권을 가지는 지위를 넘어 그 적용을 요구할 구체적 권리를 행사할 수 있는 지위에 있다. 4) 취득시기를 한정하고 있을 뿐 양도에 대한 종기를 별도 규정하지 않았기 때문에 양도시기에 따라 개정 소득세법을 적용하는 것은 세법의 엄격해석원칙에 반하는 것이다. 5) 국가가 주택수요를 진작시킬 목적으로 쟁점부칙을 신설하여 공적견해를 표명하면서 주택 투자를 권유하였다면 이를 신뢰한 국민에 대한 배신은 허용되지 않는다. 6) 주택수요 진작이라는 정책의 필요성 때문에 적극적으로 국민들에게 주택 매입을 권면하였던 국가가 공익의 논리로 국민의 신뢰보호원칙을 부정하는 것 자체가 신뢰이익에 반하며, 국가를 믿고 주택을 구입하여 다주택이 된 자와 스스로 주택을 취득한 다주택자는 본질이 다름에도 동일시하는 것은 조세평등주의 원칙에 위배된다." 입니다.

 

청구인의 주장이 굉장히 풍부하고 논리적이어서 읽는 내내 감탄했습니다.

 

하지만 이 건에 있어서도 조세심판원의 입장은 기존 입장(조심-2018-서-4447, 조심-2019-서-0898)과 동일했습니다.

조세심판원의 의견은 "해당 부칙은 2012.12.31.까지로 일몰되었고, 조정대상지역 내 다주택 중과세 규정은 소득세법 §104 제7항에 별도로 규정된 신설조문에 의해 적용되는 것이기 때문에 중과세율 적용이 타당하다" 였습니다.

 

조심-2021-중-2726, 2021.07.15.
【요지】
쟁점부칙은 2012.12.31.까지로 일몰되었고, 2017.12.19. 법률 제15225호호 개정되어 2018.4.1.부터 시행된 소득세법 제104조 제7항 제3호는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 명시하고 있는바, 청구인의 쟁점주택 양도는 이에 해당하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

 

쟁점부칙은 2012.12.31.까지로 일몰되었고, 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용함(조심-2021-중-2726, 2021.07.15.) (2).pdf
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3) 법원의 입장(=기재부 변경 해석)

(1) 지방법원 - 국패

납세자는 조세심판원의 결정에 불복하여 행정소송으로 진행하였고, 처음으로 납세자가 국가를 상대로 승소하게 됩니다. 지방법원은 "부칙의 인용 조항이 삭제되었다고 하여도 쟁점부칙이 실효되었다 볼 수 없고, 조정대상지역 내 다주택 중과 규정에 대한 특례로 보는 것이 조화로운 해석이다"라고 판결하였습니다.

 

수원지방법원-2021-구단-15087, 2022.08.24.
【요지】
법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니며, 이는 경과규정 뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것임

법률 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연실효되는 것은 아님(수원지방법원-2021-구단-15087, 2022.08.24.).pdf
0.27MB

 

(2) 고등법원 - 국패

지방법원의 판결에 세무서가 항소하여 고등법원까지 올라왔으나, 고등법원은 1심 판결과 동일한 판결을 내렸습니다. 고등법원은 소득세법 중과세 규정의 개정연혁을 보았을 때, 신설규정에 대해서도 부칙조항에 따라 특례가 적용되어야하는 것으로 판단하였습니다.

 

수원고등법원-2022-누-13943, 2023.06.21.
【요지】
소득세법 제104조 제1항 제4호가 이후 개정으로 삭제되었다고 하여, 관련 부칙조항을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바 관련 부칙조항도 그와 운명을 같이 하여 당연히 실효된다고 볼 수 없음

소득세법 제104조 제1항 제4호가 이후 개정으로 삭제되었다고 하여, 관련 부칙조항을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바 관련 부칙조항도 그와 운명을 같이하여 당연실효된다고 볼 수 없음(수원고등법원-2022-누-13943, 2023.06.21.).pdf
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사실 고등법원 판결문이 나온 뒤에 이 자료를 공유 받았었는데, 이를 소개하거나 사용하기는 어려웠습니다. 과세관청과 법원의 입장이 다른 사안들은 항상 있어왔고, 이를 인정받고자 한다면 최소한 행정소송까지 진행해야하며 비용이나 시간, 가능성 모두를 확신할 수 없다는 문제가 있기 때문입니다.

 

하지만, 고등법원 판결이 나오고 6개월 후인 지난해 말 기획재정부가 법원의 판단과 동일하게 기존 해석을 변경하였습니다. 회신일 이후 경정분도 적용이 가능하기 때문에 경정청구를 통해 돌려받을 수 있게 되었습니다.


 

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