2025년 공익수용 관련 주요 개정사항 - 조세특례제한법 감면을 중심으로

 

안녕하세요.

박 세무사의 세금공원입니다.

 

오늘은 2025년 개정사항 중 조세특례제한법상 공익수용 감면율 상향 및 양도소득세 감면한도 확대 관련 개정 조문을 알아보겠습니다. 해당 내용은 2025년 귀속 양도분부터 이미 적용되고 있으나, 한동안 블로그 관리를 하지 못하며 다소 늦게 소개드리게 되었습니다.

 

* 기존 블로그에 작성된 글들은 모두 작성일 당시의 현행 법을 기준으로 작성됩니다. 과거 작성글을 현재 상황에 적용하는 경우에는 개정 내용이 반영되지 않았을 수 있으니 유의 바랍니다.

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1. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면율 상향

 공익수용 양도소득세에 있어 가장 기본적으로 적용되는 감면인 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(이른바 공익수용 감면)의 감면율이 상향되었습니다. 종전 감면율에서 5%p씩 인상되어, 수용 과정에서 발생하는 양도소득세 부담을 이전보다 더 경감할 수 있도록 제도가 개선되었습니다.

 

 공익수용 감면은 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 부동산을 수용을 원인으로 공익사업 시행자에게 양도하는 경우 적용할 수 있는 감면입니다. 거주자뿐만 아니라 비거주자에게도 적용되며, 요건이 비교적 단순한 편이므로 수용 대상자라면 반드시 확인해야 하는 기본적인 감면이라 할 수 있습니다.

 

 해당 개정 법은 2025년 3월 14일 시행되었으나, 부칙에 따라 2025년 귀속 양도분부터 적용됩니다. 따라서 2025년에 수용되었음에도 종전 감면율을 적용하여 이미 신고한 경우에는 경정청구를 통해 차액을 환급받으실 수 있습니다.

 

2025.02.18. 세법개정안 의결 보도자료 中

 

구 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】  [2023.12.31. 법률 제19936호]

현 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 [2025.03.14. 법률 제20778호]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다. (2023. 12. 31. 개정) ④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다. (2018. 12. 24. 개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)]에 상당하는 세액을 감면한다. (2025. 3. 14. 개정) ④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다. (2025. 3. 14. 개정) 부칙(2025.03.14. 법률 제20778호) 제10조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】 제77조 제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 경우부터 적용한다.

 

2. 양도소득세 감면 종합한도 상향

 조세특례제한법 상 감면 규정은 조문별로 일정 한도가 정해져 있습니다. 종전 규정에서는 공익수용 감면을 포함한 총 16개 감면을 합산하여 1개 과세기간 한도 1억 원, 그리고 공익수용 감면을 포함한 총 11개 감면을 포함해 5개 과세기간 한도 2억 원이 있었습니다.

 

 이번 개정으로 비자발적 양도에 해당하는 조세특례제한법 77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면), 77조의2 (대토보상에 대한 양도소득세 과세 특례), 77조의3 (개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면)만의 별도 감면한도를 신설(1과세기간 한도 2억 원, 5과세기간 한도 3억 원)하여 수용으로 인한 양도소득세 감면은 한도 규정 적용 시 별도로 적용토록 하였습니다. 즉, 감면 한도 적용을 두 그룹으로 구분하여 판단하도록 개정된 것입니다.

 

 참고로 개발제한구역 감면은 종전 규정에서는 1과세기간 한도만 존재하였고, 5과세기간 한도는 별도로 두고 있지 않았습니다. 이번 개정으로 5과세기간 한도가 새롭게 마련됨에 따라 향후 개발제한구역 감면이 반복적으로 적용되는 분은 감면 한도 소진 여부를 반드시 확인할 필요가 있습니다.

 

 다만, 이 개정 규정은 부칙에서 정한 바에 따라 개정법 시행 전 종전 규정에 따라 이미 적용받은 개발제한구역 감면액은 5과세기간 한도 계산 시 합산하지 않습니다. 따라서 과거 감면 적용 이력으로 인해 불리해지는 부분은 방지되고 있습니다.

 

 아래 표는 개정 내용을 기준으로 정리한 것입니다.

 

구분	감면 유형	1과세기간 한도	5과세기간 한도
1그룹	공익사업용토지 등에 대한 감면	2억 원	3억 원
	대토보상에 대한 양도소득세 과세 특례	2억 원	3억 원
	개발제한구역지정에 따른 매수 대상 토지에 대한 양도소득세 감면	2억 원	3억 원
2그룹	자경농지에 대한 양도소득세 감면	1억 원	2억 원
	축사용지에 대한 양도소득세 감면	1억 원	2억 원
	어업용토지에 대한 양도소득세 감면	1억 원	2억 원
	자경산지에 대한 양도소득세 감면	1억 원	2억 원
	농지대토에 대한 양도소득세 감면	1억 원	1억 원

 

 예를 들어, 동일 과세기간에 A농지 양도 시 자경감면을 적용하여 1억 원 감면을 받은 후, 같은 과세기간에 B농지의 수용이 발생한 상황을 가정하겠습니다.

 

 이때 B농지 또한 8년 이상 자경하여 자경감면 적용 요건을 충족하여 적용하더라도, 이미 2그룹의 1과세기간 한도를 모두 소진하였으므로 추가 감면을 받을 수 없습니다. 이 경우에는 공익수용 감면을 적용한다면, 1그룹의 한도를 별도로 적용하여 최대 2억 원까지 감면을 적용받을 수 있습니다.

 

 실제 수용 현장에서는 둘 이상의 감면 요건을 동시에 충족하는 경우가 굉장히 많습니다. 따라서 단순히 어떤 감면이 감면율이 높은가 뿐 아니라, 감면 한도까지 종합적으로 검토하는 것이 실질적인 절세에 매우 중요합니다.

 

2025.02.18. 세법개정안 의결 보도자료 中

구 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 [2023.12.31. 법률 제19936호]

현 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 [2025.03.14. 법률 제20778호]

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조, 제77조의 2, 제77조의 3, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2017. 12. 19. 개정)  1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조, 제77조의 2, 제77조의 3, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2017. 12. 19. 개정)  2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. (2020. 6. 9. 개정 ; 법률용어 정비를 위한 기획재정위원회 소관 33개 법률 일부개정을 위한 법률)   가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2010. 1. 1. 개정)   나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의 2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2017. 12. 19. 개정)

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2025. 3. 14. 개정)  1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지, 제70조, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2025. 3. 14. 개정)  2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. (2020. 6. 9. 개정 ; 법률용어 정비를 위한 기획재정위원회 소관 33개 법률 일부개정을 위한 법률)   가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2010. 1. 1. 개정)   나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의 2부터 제69조의 4까지 또는 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2025. 3. 14. 개정) ② 개인이 제77조, 제77조의 2 또는 제77조의 3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2025. 3. 14. 신설) 1. 제77조, 제77조의 2 또는 제77조의 3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2025. 3. 14. 신설) 2. 5개 과세기간의 제77조, 제77조의 2 또는 제77조의 3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. (2025. 3. 14. 신설) 부칙(2025.03.14. 법률 제20778호) 제15조 【양도소득세 감면의 종합한도 변경에 따른 적용례 등】 ① 제133조 제1항부터 제3항까지의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 경우부터 적용한다. ② 제133조 제2항 제2호의 개정규정을 적용하는 경우 이 법 시행 전에 제77조의 3에 따라 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.

 

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