[양도소득세 공익사업] 공익사업용 토지 등 양도소득세 감면 — 감면율·종합한도·신청 절차 정리 (조세특례제한법 §77)

관련법령: 조세특례제한법 §77, §127⑦·⑧, §133②·③, 같은 법 시행령 §72, 농어촌특별세법 §4·§5, 같은 법 시행령 §4①

핵심 요약

• 사업인정고시일(그 전 양도는 양도일)부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지등을 공익사업 시행자에게 양도하거나 수용된 경우 감면
• 감면율(2025년 양도분부터): 현금 15%, 보상채권 20%, 채권 만기보유 특약 3년 35%·5년 45%
• 감면한도: §77·§77의2·§77의3 합산 과세기간별 2억원, 5개 과세기간 3억원
• 감면세액의 20%는 농어촌특별세, 적용기한은 2026.12.31. 양도분까지

공익사업에 필요한 토지 등을 사업시행자에게 양도하거나 수용되는 경우에도 양도차익에는 양도소득세가 과세됩니다. 조세특례제한법 제77조는 이 경우 보상 방법에 따라 양도소득세의 일정 비율을 감면하는 규정입니다.

 

아래에서는 감면 대상과 요건, 보상 방법별 감면율, 감면 종합한도, 농어촌특별세, 감면 신청 절차, 중복적용 배제와 사업시행자 추징, 적용기한 순서로 조문 내용을 정리합니다.

 

1. 감면 대상과 요건

아래 세 가지 양도 유형 중 하나에 해당하고, 사업인정고시일 기준 취득 시기 요건을 갖춘 토지등을 적용기한 안에 양도한 경우 감면이 적용됩니다. 협의로 양도한 경우와 수용된 경우가 모두 포함됩니다.

 

대상 양도	① 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도 ② 도시정비법에 따른 정비구역의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도    ※ 정비기반시설을 수반하지 않는 정비구역은 제외 ③ 토지보상법이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용
취득 시기	• 해당 토지등이 속한 사업지역의 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득 • 사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득
상속·증여 취득	• 상속받은 토지등: 피상속인의 취득일을 취득일로 봄 • 소득세법 §97의2①(배우자·직계존비속 증여 이월과세)이 적용되는 증여받은 토지등: 증여자의 취득일을 취득일로 봄
적용기한	2026.12.31. 이전 양도분

 

2. 보상 방법별 감면율

감면율은 양도대금을 현금으로 받는지, 보상채권으로 받는지, 보상채권을 만기까지 보유하기로 특약을 맺는지에 따라 달라집니다. 2025.3.14. 법 개정으로 각 감면율이 5%p씩 올랐습니다.

 

개정 감면율은 개정법 시행일이 속하는 과세연도, 즉 2025년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다(법률 제20778호 부칙 제10조). 2024년 이전 양도분은 종전 감면율이 적용됩니다.

 

보상 방법	2025년 이후 양도	2024년 이전 양도
현금	15%	10%
보상채권	20%	15%
보상채권 3년 이상 만기보유 특약	35%	30%
보상채권 5년 이상 만기보유 특약	45%	40%

* 보상채권: 토지보상법 제63조(폐지된 토지수용법 제45조 포함)에 따른 보상채권
* 만기보유 특약: 공공주택 특별법, 택지개발촉진법, 토지보상법 및 이와 유사한 법률에 따라 협의매수·수용되는 경우로서, 사업시행자를 계좌관리기관으로 하여 개설한 계좌를 통해 보상채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결한 경우

 

만기보유 특약을 체결해 35%(또는 45%) 감면을 받은 사람이 특약을 위반하면, 감면받은 세액 중 양도소득세의 15%(만기 5년 이상은 25%)에 상당하는 금액을 즉시 징수합니다. 사업시행자는 특약체결자의 보상명세와 위반 사실을 다음 달 말일까지 관할 세무서장에게 통보합니다.

 

3. 감면 종합한도

공익사업 관련 감면은 2025.3.14. 개정으로 자경농지 감면 등과 분리된 별도 한도를 적용받습니다. 공익사업용 토지 감면(§77), 대토보상 과세특례(§77의2), 개발제한구역 매수대상 토지 감면(§77의3)의 감면세액을 합산해 한도를 판단합니다.

 

합산 대상	§77, §77의2, §77의3에 따라 감면받을 양도소득세액 ※ 자산 양도 순서에 따라 합산
과세기간별 한도	과세기간별 합계액이 2억원을 초과하는 부분은 감면하지 않음
5개 과세기간 한도	해당 과세기간과 직전 4개 과세기간 감면세액 합계액이 3억원을 초과하는 부분은 감면하지 않음
분할 양도	아래 경우 과세기간별 한도를 적용할 때 1개 과세기간에 모두 양도한 것으로 봄 • 토지를 분할(일부 양도일부터 소급 1년 이내 분할)하여 그 일부를 양도하거나 토지 지분을 양도한 후 • 그 양도일부터 2년 이내에 나머지 토지·지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도
적용 시기	• 2025년 1월 1일 이후 양도분부터 적용(법률 제20778호 부칙 제15조①) • 5개 과세기간 한도 계산 시 2025.3.14. 전에 §77의3에 따라 감면받은 세액은 합산하지 않음(부칙 제15조②)

* 2024년 이전 양도분: §77·§77의2·§77의3도 자경농지 감면(§69) 등과 합산하여 과세기간별 1억원, 5개 과세기간 2억원 한도 적용

 

4. 농어촌특별세

조세특례제한법에 따라 감면받는 소득세에는 감면세액의 20%가 농어촌특별세로 과세되며, 공익사업용 토지 감면도 원칙적으로 같습니다. 다만 아래 토지에 대한 감면은 농어촌특별세가 비과세됩니다.

 

원칙	§77 감면세액의 20% 과세
비과세	조세특례제한법 §69① 본문에 따른 거주자가 직접 경작한 토지에 대한 §77 감면 ※ 이 경우 8년 이상 경작 요건은 적용하지 않음

 

5. 감면 신청 절차

감면을 신청하는 사람은 양도 유형에 따라 다릅니다. 협의로 양도한 경우(대상 양도 ①·②)에는 사업시행자가, 수용된 경우(대상 양도 ③)에는 감면을 받으려는 양도자가 신청합니다.

 

협의 양도 대상 양도 ①·②	• 신청인: 사업시행자 • 시기: 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 • 서류: 세액감면신청서 + 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자는 특약체결·보상채권 보유 사실 확인서류 포함) • 제출처: 양도자의 납세지 관할 세무서장
수용 대상 양도 ③	• 신청인: 감면을 받으려는 자 • 시기: 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자는 예정신고 포함)와 함께 • 서류: 세액감면신청서 + 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자는 특약체결·보상채권 보유 사실 확인서류 포함) • 제출처: 납세지 관할 세무서장

 

6. 중복적용 배제와 사업시행자 추징

같은 토지등에 둘 이상의 양도소득세 감면이 적용될 수 있는 경우에는 하나만 선택해야 합니다. 또 감면 후 사업이 일정 기한 안에 진행되지 않으면, 양도자가 아니라 사업시행자가 감면세액 상당액을 납부합니다.

 

다른 감면과 중복 조특법 §127⑦	• 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세 감면규정이 동시에 적용되면 거주자가 선택하는 하나만 적용 • 토지등의 일부에 특정 감면을 적용받은 경우 남은 부분에는 다른 감면을 적용받을 수 있음
공장 이전 특례와 중복 조특법 §127⑧	§77과 §85의7(공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례)이 동시에 적용되면 하나만 선택
사업시행자 추징 조특법 §77③·⑤	아래 사유가 생기면 사업시행자가 감면세액 상당액을 그 사유가 발생한 과세연도의 소득세·법인세로 납부(이자상당가산액 규정 준용) ① 공익사업 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 공익사업을 시작하지 않는 경우 ② 정비사업 사업시행자가 사업시행자 지정일부터 1년이 되는 날까지 사업시행계획인가를 받지 않거나, 인가받은 사업시행계획서상 공사완료일까지 사업을 완료하지 않는 경우

 

7. 적용기한과 개정 진행 상황

현행 조문상 감면은 2026.12.31. 이전에 양도하는 분까지 적용됩니다. 2026.8.3. 발표된 2026년 세제개편안(정부안)에는 적용기한을 2028.12.31.까지 2년 연장하는 내용이 포함되어 있습니다.

 

이 연장안은 국회 의결 전의 정부안입니다. 국회 통과와 공포 여부에 따라 이 글을 수정하여 다시 발행합니다.

 

단계	일자	진행
세제개편안(정부안) 발표	2026.8.3.	완료
국회 제출	2026.9.3.	완료
국회 통과	-	미정
공포·시행	-	미정

 

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※ 작성 기준일 현재의 법령과 과세관청, 법원의 해석을 단순 정리한 것으로, 개별 사안은 전문가와 상담하시기 바랍니다.
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박재영

세무법인리치 WM지점 대표 세무사

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