[양도소득세 장기보유특별공제 개정] 2026년 세제개편안(정부안) — 주택 장기거주 소득공제 전환·공제한도 신설·비사업용 토지 공제 배제 등

핵심 요약 

• 2026년 세제개편안(정부안)은 주택의 장기보유특별공제를 거주기간 중심의 '장기거주 소득공제'로 바꾸고, 토지·주택 외 건물은 '장기보유 소득공제'로 나누는 내용입니다. 
• 공제율은 2027년 유예 후 2028~2029년에 단계적으로 바꾸고, 공제한도(인별 연간·양도 물건별 각각)를 새로 두어 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원으로 하는 안입니다. 
• 정부안은 2026.9.3. 국회에 제출되었고, 재정경제기획위원회 상정 후 소위원회에 회부된 상태이며, 아직 확정된 법률이 아닙니다. 

관련법령: 소득세법 §95②, §103, 같은 법 시행령 §159의4 / 소득세법 일부개정법률안(정부, 의안번호 제2221042호)

 

2026.8.3. 발표된 「2026년 세제개편안」에는 양도소득세 장기보유특별공제를 크게 바꾸는 내용이 들어 있습니다. 정부안은 2026.9.1. 확정되어 2026.9.3. 소득세법 일부개정법률안으로 국회에 제출되었습니다.

 

이 글은 현행 제도와, 재정경제부 「2026년 세제개편안」 상세본·문답자료에서 확인되는 개정안 내용, 진행 단계를 정리합니다. 각 항목 아래에는 상세본의 해당 부분을 함께 넣었습니다. 국회 심의 결과에 따라 내용이 바뀔 수 있으며, 확정되면 수정하여 다시 발행합니다.

 

1. 현행 장기보유특별공제

장기보유특별공제는 토지·건물을 3년 이상 보유하고 양도할 때 양도차익의 일정 비율을 빼 주는 제도입니다. 1세대 1주택은 보유기간과 거주기간 공제율을 더해 최대 80%까지 공제하고, 공제금액 한도는 없습니다.

 

구분	현행 공제율
일반 (1세대 1주택 외)	3년 이상 4년 미만 6%, 이후 1년마다 2%p씩 증가 15년 이상 최대 30%
1세대 1주택 (보유기간 중 거주 2년 이상)	• 보유기간: 3년 이상 12%, 이후 1년마다 4%p씩 증가, 10년 이상 최대 40% • 거주기간: 2년 이상 3년 미만 8%(보유 3년 이상인 경우), 3년 이상 12%, 이후 1년마다 4%p씩 증가, 10년 이상 최대 40% • 보유 + 거주 합산 최대 80%
공제 제외	미등기양도자산, 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택(소득세법 §104⑦ 각 호)

 

728x90

2. 개정안(정부안)의 주요 내용

개정안은 공제율을 2027년까지 현행대로 두고, 2028년 중간 단계를 거쳐 2029년부터 본격 시행하는 구조입니다. 연도별 공제율과 공제한도를 한 표로 보면 다음과 같습니다.

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 문답자료 37쪽

 

1) 장기거주 소득공제로 전환

현행 장기보유특별공제를 주택과 주택 외 자산으로 나눕니다. 주택(관리처분계획인가 전 주택인 조합원입주권 포함)은 '장기거주 소득공제', 토지와 주택 외 건물은 '장기보유 소득공제'로 이름을 바꿉니다.

 

주택의 공제율은 보유기간 공제를 줄이고 거주기간 공제를 늘리는 방식으로 단계적으로 바뀝니다. 2028.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용합니다.

 

구분	2027년까지 (현행)	2028년	2029년 이후
1세대 1주택	거주 연 4%(최대 40%) + 보유 연 4%(최대 40%)	거주 연 6%(최대 60%) + 보유 연 2%(최대 20%)	거주 연 8% 최대 80%
다주택자 주택	보유 연 2% (최대 30%)	거주 연 2%(최대 30%)와 보유 연 1%(최대 15%) 중 높은 공제율	거주 연 2% (최대 30%)

* 1세대 1주택의 기본요건(3년 이상 보유 + 2년 이상 거주)과 다주택자 주택의 기본요건(3년 이상 보유)은 현행과 같습니다.
* 다주택자 주택의 거주공제는 2년 이상 거주한 경우에만 적용합니다. 조정대상지역 중과 대상 주택은 현행처럼 공제를 적용하지 않습니다.

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 56쪽

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 57쪽

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 58쪽

 

2) 공제한도 신설

현행에는 공제금액 한도가 없습니다. 개정안은 주택 장기거주 소득공제에 공제한도를 새로 두며, 인별 연간 한도와 양도 물건별 한도를 각각 적용합니다. 2028.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용합니다.

 

구분	2027년	2028년	2029년 이후
인별 연간	한도 없음	20억원	10억원
양도 물건별	한도 없음	20억원	10억원

* 공동소유이거나 시점을 달리하여 나누어 양도하는 경우에는 지분 비율 또는 분할양도 비율에 따라 안분하여 공제한도를 적용합니다.

 

문답자료의 사례(1주택, 양도가액 75억원, 취득가액 25억원, 10년 거주·보유)에서 공제액은 2027년 33.6억원, 2028년 20억원(한도액), 2029년 10억원(한도액)입니다.

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 59쪽

 

3) 비사업용 토지 장기보유특별공제 배제

현행에는 비사업용 토지도 3년 이상 보유하면 일반 공제율(최대 30%)이 적용됩니다. 개정안은 토지의 효율적 활용을 유도한다는 취지로, 공제 배제 자산(미등기양도자산, 조정대상지역 중과 주택)에 비사업용 토지를 추가합니다.

 

구분	현행	개정안
비사업용 토지	일반 공제율 적용(최대 30%)	2028.1.1. 이후 양도분부터 공제 미적용

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 95쪽

 

4) 1세대 1주택 장기거주자 기본공제 상향

양도소득 기본공제는 현재 소득 종류별로 연 250만원입니다. 개정안은 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하의 1세대 1주택을 양도할 때 연 2,500만원을 공제하는 단서를 신설합니다.

 

이 항목은 장기거주 소득공제 개편과 달리 2027.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용합니다.

 

구분	현행	개정안
10년 이상 거주, 양도가액 30억원 이하 1세대 1주택	연 250만원	연 2,500만원

* 연 250만원을 넘는 공제분은 해당 1주택 양도분에서만 공제합니다.
* 인별·양도물건별로 공제를 안분하여 적용하고(부부 공동명의는 각각 적용), 특수관계인 간 양도와 비거주자는 적용하지 않습니다.

 

출처: 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 68쪽

 

3. 진행 단계

정부안은 입법예고와 국무회의 확정을 거쳐 국회에 제출되었고, 소관 상임위원회 소위원회에 회부되어 있습니다. 국회 의결 전이므로 아직 시행되는 법률이 아닙니다.

 

단계	일자	진행
세제개편안 발표(재정경제부)	2026.8.3.	완료
입법예고(재정경제부공고 제2026-213호)	2026.8.4.~8.20.	완료
정부안 확정	2026.9.1.	완료
국회 제출(의안번호 제2221042호)	2026.9.3.	완료
재정경제기획위원회 상정	2026.9.28.	완료
전체회의 제안설명·대체토론·소위원회 회부	2026.9.29.	완료
국회 본회의 의결	-	미정
공포·시행	-	미정

 

---

※ 작성 기준일 현재의 법령과 과세관청, 법원의 해석을 단순 정리한 것으로, 개별 사안은 전문가와 상담하시기 바랍니다.

 

세무법인리치는 수용 양도소득세와 관련해 아래와 같이 안내해 드립니다.

 

1) 보상금 명세서를 받으신 분: 예상세액과 감면 적용 여부 무상 안내
2) 이미 신고를 마치신 분(신고기한 후 5년 이내): 경정청구(환급) 가능 여부 무상 검토
* 실제 용역(신고대리 등) 수행 시에는 수임료가 발생합니다.

 

문자·카카오톡·이메일로도 문의와 자료 전달이 가능하니 아래 연락처로 편히 연락 주시기 바랍니다.
* 보상금액이 확정되지 않은 상황에서는 세액 계산이 어려운 점 양해 부탁드립니다.

박재영

세무법인리치 WM지점 대표 세무사

서울특별시 송파구 가락로11길 34-1, 2층(석촌동, 리치빌딩)

M. 010.9991.9006
E. cta_pjy@naver.com
F. 0303.3441.9006